La ley fue declarada inconstitucional el 13 de julio de 2016 y con esto se quitó el candado para que todos los crímenes de guerra señalados en el informe de la Comisión de la Verdad, y otras graves violaciones a los derechos humanos cometidas durante la guerra civil en El Salvador, se judicialicen.
“No gozan de amnistía y están sujetos a investigación, juzgamiento y sanción, todos los hechos sucedidos desde el 1-VI-1989 al 16-I-1992, cometidos por funcionarios públicos, civiles o militares”, resolvió la sala entonces.
A la Audiencia especial de seguimiento fueron convocados los sectores jurisdiccionales que que tienen competencia en los casos pero muchos de estos se abstuvieron de asistir y mandaron representante no así el Fiscal General de la República, Douglas Meléndez se hizo presente.
El magistrado Florentín Meléndez recriminó a los presentes la poca o ninguna atención que se le ha dado al cumplimiento de la sentencia a pesar de que solo falta un mes para que se cumplan dos años de haberla emitido.
El Fiscal Meléndez dijo que se están investigando más de 160 casos a través de una unidad especializada y otras oficinas fiscales pero aclaró que si no ha hecho más es debido a la falta de recursos. Meléndez alegó que solo cuentan con cuatro investigadores proporcionados por la Policía Nacional Civil (PNC) y son insuficientes para cubrir todos los casos.
Entre los crímenes que han sido abiertos o reabiertos se encuentra el asesinato del beato Oscar Arnulfo Romero, en 1980; la masacre de los sacerdotes jesuitas y colaboradoras, en 1989; la masacre de El Mozote, en 1981; la masacre de Las Hojas, en 1983; el asesinato del presidente del Instituto Salvadoreño de Trasformación Agraria (ISTA), Rodolfo Viera, y dos ciudadanos norteamericanos que asesoraban sobre una reforma migratoria, en 1981; el asesinato del expresidente de la Corte Suprema de Justicia, Francisco José Guerrero, en 1989; entre otros.
No se mencionó la masacre de la zona rosa en la que fueron acribillados a tiros varios militares norteamericanos y al menos ocho ciudadanos más entre salvadoreños. guatemaltecos y chilenos que departían en un restaurante al aire libre de la zona, el 19 de junio del 85, a manos del PRTC cuya principal comandante era la actual diputada Nidia Díaz; ni el asesinato del exfiscal Rober García Alvarado o el del Doctor Antonio Rodríguez Porth .