El 29 de Agosto de 1865 es fusilado en San Salvador el Capitán General José Gerardo Barrios Espinoza, conocido como Gerardo Barrios. Nació en San Juan Lempa, hoy Nuevo Edén de San Juan, San Miguel, el 24 de septiembre de 1813, fue fusilado en San Salvador, el 29 de agosto de 1865.
Fue un militar, estadista, y político liberal, Barrios era de media estatura, moreno claro, de ojos negros y grandes, cejas pobladas, mentón recio, alta frente, bigote y barba, cuerpo fornido y de espalda ancha. Discreto en el hablar, de modales sencillos. Galante y gentil con las señoras. Serio y responsable en sus juicios.
Francés por su cultura, español por su carácter y emotividad. Sincero y leal con sus amigos; violento y severo con su detractores. Un defecto: cojeaba. Un báculo dábale prestancia, al andar. Gustaba de los uniformes vistosos, entorchados, a la manera francesa. Militar de la auténtica vocación; guerrero por convicciones patrioticas. Prudente y cauto para hacer la guerra. Escuchaba la buena música, marchas y piezas sacras. Lector incansable.
Fue hijo de José María Barrios y de Petrona Espinoza de Barrios, ricos terratenientes de origen franco-español, tuvo tres hermanas: Petronila, María Josefa y Onicéfora. El 24 de octubre de 1813 fue bautizado en la parroquia de Sesori, siendo su padrino Tomás Castillo. Su abuelo, Pedro Joaquín Barrios, le enseñó a leer y escribir, el resto de su educación corrió a cargo de un tutor francés, buen amigo de su familia, que le enseñó gramática española, geografía e historia de América y Europa, matemáticas, astronomía y física. Pero quizá la aportación más importante de su tutor fuese inculcar en el joven Barrios el espíritu liberal ilustrado que en esos años recorría Europa y sobre todo Francia.
Gerardo Barrios inició su carrera pública a muy temprana edad como secretario de la municipalidad de Cacahuatique (actual Ciudad Barrios). Posteriormente se alistó en el ejército, en el cual sirvió a las órdenes del general Francisco Morazán. Junto a Morazán combatió los intentos separatistas dirigidos por José María Cornejo. Por estas fechas, Barrios inició su militancia en el Partido Liberal.
El 10 de enero de 1859 el presidente de la República Miguel Santín del Castillo nombró ministro de Gobernación a Francisco Dueñas, lo que provocó el descontento de una parte de la oficialidad del ejército. Al día siguiente del nombramiento, el general Gerardo Barrios se sublevó y expulsó del país a Dueñas. La reacción de Santín no se hizo esperar, y el día 19 de enero destituyó a Barrios como comandante general del ejército, cargo que asumió el propio Santín. Barrios no aceptó su destitución y sublevó al ejército, con el cual depuso al presidente.
La Presidencia quedó entonces en manos del vicepresidente Joaquín Eufrasio Guzmán. Bajo este gobierno, en el que el hombre fuerte era el general Barrios, el 25 de enero, el Estado de El Salvador fue declarado República soberana e independiente; el 7 de febrero la Asamblea legislativa estableció el período presidencia en seis años, hasta entonces había sido de dos años. Finalmente, el 12 de marzo de 1859 el general Barrios se autoproclamó presidente de la República.
El 21 de enero de 1860, una vez concluido el período legal por el que Barrios se proclamó presidente, la Asamblea Legislativa le nombró Senador Designado; siete días más tarde la Cámara de los Diputados y Senadores lo proclamó de nuevo presidente de la República para el período 1860-1865. Barrios tomó posesión el 1 de febrero.
Una de las primeras medidas de la presidencia de Barrios fue establecer un férreo control gubernamental sobre la universidad salvadoreña, al tiempo que reformó los estatutos y los estudios universitarios. La reforma se extendió al resto de los aspectos educativos de la República, aplicándose a los estudios de primaria, secundaria y profesionales. La reforma educativa tuvo especiales connotaciones en lo referente a la abogacía, donde se trató de evitar las malas prácticas que eran comunes entre los abogados salvadoreños, y a la medicina, donde se quiso aumentar el nivel de los conocimientos médicos.
El presidente Barrios emitió una serie de leyes que perseguían poner bajo el control de la República al clero salvadoreño, para ello se prohibió a los clérigos predicar de forma injuriosa contra cualquier persona, y se obligó al clero a prestar juramento de fidelidad a la República y la Constitución antes de tomar posesión de sus cargos. Estos decretos motivaron un enfriamiento en las relaciones entre el gobierno salvadoreño y la Santa Sede, al tiempo que muchos párrocos abandonaron sus parroquias.
El presidente Barrios encarceló entonces al obispo Pineda Saldaña y expulsó del país a una serie de presbíteros que se habían negado a prestar el juramento exigido. Los enfrentamientos se sucedieron y se saldaron con la expulsión violenta de un gran número de clérigos. El 24 de febrero de 1862 el ex-presidente Dueñas fue expulsado del país al acusarle de conspirar contra el Gobierno. En junio de 1862 la situación con la Santa Sede se regulariza al firmarse un concordato en el que ambos poderes cedieron en algunas de sus pretensiones.
El 10 de junio de 1862 el Comisionado del Gobierno de Nicaragua, Máximo Jerez, y el presidente Barrios firmaron el Tratado de San Miguel, en el cual se comprometieron a reorganizar sus fronteras y crear un estado unitario del que debían formar parte El Salvador, Nicaragua y Honduras, se denominaría República de Centro América. El gobierno del general Rafael Carrera de Guatemala se negó tajantemente a que dicha unión tuviera lugar, de hecho, en diciembre de ese mismo año se rompieron las relaciones diplomáticas entre Guatemala y El Salvador.
El 18 de diciembre de 1862 el presidente Barrios publicó un manifiesto al pueblo salvadoreño en el que amenazó con una guerra a Guatemala: “La guerra entonces, no será como las anteriores: o Guatemala o El Salvador desaparecerán. No quiera Dios que sea un salvadoreño quien dispare el primer fusil en una lucha fratricida”. A lo largo de 1863 ambos países se enfrentaron en una sangrienta guerra que, además de las importantes bajas humanas que ocasionó, detuvo en seco el proyecto reformista de Barrios. El 22 de enero de 1863 el Gobierno de Nicaragua rompió sus relaciones diplomáticas con El Salvador y se pasó al bando de Guatemala. El Salvador contaba entonces con el único apoyo de Honduras, en abril de 1863 Nicaragua entró en la guerra.
El desarrollo de la guerra se mostró claramente desfavorable a los intereses de Barrios por lo que no tardaron en surgir los problemas internos. El 20 de junio las tropas guatemaltecas invadieron parte del territorio salvadoreño y siete días después, la Municipalidad de Sonsonate proclamó a Francisco Dueñas como presidente de El Salvador. Desde ese momento las sublevaciones de las provincias y de muchos mandos militares se sucedieron. La situación de Barrios empeoró aún más cuando su único aliado abandonó su causa, así, el 30 de septiembre el Gobierno de Honduras reconoció como legítimo al presidente Francisco Dueñas.
El 20 de octubre la capital de El Salvador, en ruinas, fue tomada por el ejército aliado. El 26 de octubre Gerardo Barrios fue depuesto como presidente y al día siguiente fue proclamado Francisco Dueñas como presidente legítimo de El Salvador.
Igual a su maestro Francisco Morazán, Gerardo Barrios fue fusilado después de un polémico juicio, promovido por el entonces presidente Francisco Dueñas, conservador.
El juicio se instaló el 10 de agosto, el Consejo de Guerra ad hoc fue presidido por Santiago González, las deliberaciones importantes se dan el día 28, el Consejo de Guerra iba a absolverlo, lo que provocó la ira de Dueñas, provocando la renuncia del fiscal militar, quien en el acto se arrancó los galones y tiro el kepis al suelo, la sentencia de muerte, fue firmada a las 11 de la noche del 28 de agosto, después que el mismo Dueñas hablará con cada uno de los miembros del Consejo de Guerra. Así la sentencia, fue ratificada por Dueñas, decretando que fuera ejecutada dentro de seis horas, por las circunstancias del caso.
Barrios fue fusilado al pie de la Ceiba que se encontraba en el cementerio general de San Salvador, a las cuatro y media de la mañana de un día como hoy 29 de agosto de 1865.
Con la muerte de Barrios parecía que la suerte de los conservadores cambiaría totalmente a su favor, pero no fue así. Carrera murió en Guatemala en 1865 y su sucesor, el conservador Vicente Cerna, fue derrocado por Justo Rufino Barrios.
Mientras en El Salvador, ese mismo año Santiago González derrocó a Dueñas, con lo que puso fin a las aspiraciones de los conservadores de hacerse nuevamente con el poder. Un nuevo mandatario liberal, Rafael Zaldívar, se encargaría de profundizar en las reformas liberales impulsadas por Barrios.